Die Stiftung untersteht hinsichtlich ihrer Aufgaben nach § 2Absatz 1Nummer 2 der Rechtsaufsicht des Bundesministeriums der Justiz. Im Übrigen untersteht die Stiftung der Rechtsaufsicht der oder des Bundesbeauftragten für die Opfer der SED-Diktatur beim Deutschen Bundestag.
Die oder der Bundesbeauftragte für die Opfer der SED-Diktatur beim Deutschen Bundestag berichtet dem Deutschen Bundestag in dem Gesamtbericht gemäß § 2Absatz 1Satz 1 des SED-Opferbeauftragtengesetzes über die Rechtsaufsicht nach Absatz 1Satz 2.